O problema pode ser causado por um conflito de IRQ entre o mouse e o touchpad. Este é um bug do kernel do Linux (pelo menos em 2.6.28) e, como tal, afeta a maioria das distribuições. Uma maneira fácil de recuperar a funcionalidade do mouse e do touchpad sem precisar reiniciar o servidor X é reiniciar o driver do mouse. Execute os seguintes comandos em uma janela de terminal:
sudo modprobe -r psmouse
sudo modprobe psmouse
fonte: Lidar com mouse e touchpad congela no Linux
Atualmente, estou usando o kernel do Linux 3.0.0-16, então, se esse é realmente o mesmo bug, estou surpreso que ainda esteja lá.