Você pode particionar a unidade e isso não importa, a menos que você altere o UUID
e o número da partição que contém a instalação do Wubi.
Mas se você quiser substituir o Windows pelo Ubuntu, então faz sentido comprar um disco rígido externo, fazer backup de todos os seus dados e, em seguida,
Eu gosto de migrar minhas instalações do Ubuntu, porque configurá-lo de novo é uma dor. Mas para muitas pessoas, novas instalações são comuns. Você pode escolher o que preferir.
Se você ainda não sabe o que fazer, provavelmente também pode tentar redimensionar a instalação do Wubi como medida temporária ou liberando espaço .