1) Sim, é possível usar unidades de 3 TB (ou qualquer unidade com mais de 2 TB) em uma placa que não suporte a inicialização a partir delas. No entanto, você terá que inicializar a partir de algo que seja suportado, como o pendrive USB sugerido.
2) A maioria dos instaladores se alinham em múltiplos de 4k (frequentemente em limites de 1MB ou 2MB). A menos que você esteja digitando manualmente os setores iniciais, você pode ignorar isso. Dito isto, não faz mal verificar os resultados.
3) Tamanho da faixa RAID, devo investigar mais ou apenas viver com os padrões?
Hoje em dia eu simplesmente uso os padrões, a menos que eu use discos realmente antigos (10-40 M era B) onde o desempenho do disco realmente importava. Atualmente, os padrões são sane e os caches de disco são grandes.
Eu acho que você pode ajustá-lo um pouco para um caso específico , mas para uso de NAS genérico apenas mantenha os padrões.