Estou assumindo que você está tentando criar um instalador inicializável do Windows. Existe um ótimo programa por aí que eu usei no passado chamado WinUSB. Este programa permite que você faça um instalador do Windows inicializável, assim como você pode com o LiveLinuxUSB Creator e tal, mas com o Windows. Para instalar, abra o Terminal e faça o seguinte:
sudo add-apt-repository ppa:colingille/freshlight
sudo apt-get update
sudo apt-get winusb
Para criar a unidade, abra o WinUSB, selecione sua unidade .iso / cd, selecione a unidade flash USB / disco rígido na parte inferior e clique em iniciar.