Parece um problema de compositor de janela, talvez seja uma configuração "Não mostrar bordas de janela". ou 'Não mostrar o título da janela'.
Experimente o Gerenciador de configurações do CompizConfig. O módulo 'Decoração de Janelas' está ativado? E restaure os valores para as configurações padrão.
Quando eu desativo o módulo Decoração de Janela, tenho as mesmas janelas que na sua imagem: -)