O Ubuntu possui o ext4 mesmo se você inicializar a partir do drive USB. O software só vai escrever a iso existente no seu USB, você não precisa configurar o fs de antemão, será gordo se essa foi a questão.
Estou colocando um novo disco rígido em um computador antigo e quero conhecer o melhor sistema de arquivos a ser usado para instalar o Ubuntu 13. Vou instalar a partir de uma unidade USB e tenho o software "ISO para USB"; as opções são FAT, FAT32, exFAT e NTFS.
O Ubuntu possui o ext4 mesmo se você inicializar a partir do drive USB. O software só vai escrever a iso existente no seu USB, você não precisa configurar o fs de antemão, será gordo se essa foi a questão.
Não importa qual FS você usa ao colocar a iso na unidade USB, o melhor conselho é seguir as instruções na página de download do ubuntu. (desculpe, não posso linkar, trocar pilha de culpa)