Eu não tenho nenhuma experiência com o Windows Installer do Ubuntu, então, por favor, não fique ofendido se eu escrever um absurdo total.
Se não estou enganado, você instalou o gerenciador de boot do Ubuntu (grub2) no seu HDD para usá-lo para carregar o Ubuntu a partir do CD do Ubuntu. Como o seu CD do Ubuntu não é um disco físico, mas uma imagem de CD que você montou em uma unidade virtual emulada usando um programa do Windows, o gerenciador de inicialização (que é executado antes de qualquer sistema operacional ser carregado e, portanto, também antes de qualquer unidade de CD virtual estar disponível) não consegue encontrar o CD e, portanto, não consegue carregar nada dele.
Minha solução sugerida é simples: Grave um CD do Ubuntu real e inicialize a partir dele, usando o gerenciador de inicialização já instalado no HDD, ou simplesmente inicializando diretamente do CD usando a opção de seleção de dispositivo de inicialização do seu BIOS ou EFI. (na verdade, essa é a maneira preferida e o que você fez, instalando o carregador de boot no disco rígido, serve apenas como uma solução alternativa para os poucos computadores que não podem inicializar a partir do CD). É claro que você também pode criar um pen drive USB de instalação do Ubuntu usando o Unetbootin ou uma ferramenta semelhante.
Se você quiser desinstalar o gerenciador de boot do Ubuntu e voltar ao Windows apenas, provavelmente terá que reescrever o registro mestre de inicialização do HDD. No Windows 2000 ou XP pode-se, por exemplo, inicializar a partir do CD do Windows, ir ao Console de Recuperação e executar o comando fixmbr (ou foi fixboot?). Para versões mais recentes do Windows, existem comandos semelhantes.