Como solução temporária, você pode executar o seguinte comando:
sudo dpkg-reconfigure notify-osd
Isso parece, quase nunca, mas ainda ocasionalmente, fazer com que as notificações desapareçam completamente da sessão.
Além disso, este comando só funciona para a sessão atual. A solução alternativa sobrevive a suspensões e bloqueios, mas não reinicia e efetua logout.