Para responder minha própria pergunta (no caso de alguém ter esse problema, é possível consertar isso. Usar o EasyBCD é apenas o primeiro passo, depois de criar uma entrada para o Ubuntu (não deixe de definir o Tipo como wubi, não como GRUB) ) você tem que dizer ao Windows de onde deve inicializar o Ubuntu. Para fazer isso, abra um prompt de comando com direitos de administrador e execute
bcdedit
e observe o final da saída em 'Real-Mode Boot Sector' no identificador.
Em seguida, execute bcdedit /set {device_id} partition=X:
onde device_id é o ID de cima e X é a partição onde você instalou o Ubuntu.
Por fim, execute
bcedit /set {device_id} path \your_ubuntu_path\winboot\wubildr.mbr
Novamente, substitua device_id e 'your_ubuntu_path' pelo caminho para o arquivo wubildr.mbr (provavelmente está em \ ubuntu \ winboot \ na partição onde você instalou o Ubuntu)
É isso, o dual-boot deve funcionar corretamente novamente (pelo menos para mim).