Você pode usar o scp ou até usar o rsync.
Costumo usar o rsync para conectar a uma máquina remota e enviar arquivos. Você precisará ter acesso à máquina remota (geralmente tenho acesso ssh via chave privada).
Claro que se você estiver tentando se conectar ao servidor remoto por SSH (como o rsync faz), você precisará de acesso a essa porta (assim, você terá problemas se sua rede bloquear o acesso).
Você precisará nos informar mais sobre sua configuração individual se essa não for uma solução adequada.