Você deve saber isso sobre o Wubi: Wubi - Prós e Contras ...
Prós
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Se um computador precisar ter o Linux instalado temporariamente, é mais fácil remover o Wubi sem deixar vestígios óbvios. Sem o Wubi, você precisa re-ampliar a partição do Windows e restaurar o bootloader do Windows. Com o Wubi, você apenas usa o desinstalador fornecido. Você pode até ocultar temporariamente a entrada do Ubuntu do gerenciador de inicialização do Windows.
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Para quem quer experimentar o Linux, mas tem medo de prejudicar o Windows, o Wubi é menos assustador.
Contras
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Suponha que um usuário tenha um computador com o Wubi, tenha atualizado algo, mas não tenha certeza do quê, esteja a milhares de quilômetros de distância e ligue para você porque o computador dele não passará do estágio de bootloader. Qual o proximo? Há muito menos recursos sobre a solução de problemas do Wubi do que com o dual boot tradicional baseado no Grub.
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Da mesma forma, se você precisar solucionar problemas ou resgatar o sistema com um CD ao vivo, o Wubi reduzirá suas opções.
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Aumentar o tamanho da imagem da partição do Wubi não foi suportado da última vez.
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O Wubi induz uma pequena perda de desempenho. (Mas se você estiver considerando o Wubi, provavelmente não se importará.)
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Se o Windows estragar seu sistema de arquivos, você perderá o Linux também. (Embora eu tenha a sensação de que o NTFS é confiável nos dias de hoje.)
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Não funciona com UEFI e se o Windows 8 ou superior estiver pré-instalado.
Links Relacionados:
- Wiki do Ubuntu: Guia do Wubi
- AskUbuntu post: Posso instalar o Ubuntu dentro do Windows?
- AskUbuntu post: Como inicializar o WUBI instalado no Ubuntu dentro do Windows 8?