Você usa o criador de disco de inicialização? No final, este programa tenta instalar o gerenciador de inicialização no dispositivo USB e solicita permissão de root.
É isso que você quer dizer?
Eu descobri que quando eu tinha o gerenciador de arquivos (Nautilus) aberto, o programa falhava ou desaparecia sem instalar o gerenciador de inicialização.
(Eu acho que é porque o Nautilus está bloqueando o pendrive).