Eu reiniciei o Ubuntu e o problema foi "consertado": as duas entradas ainda estavam listadas na janela Downloads, mas marcadas como "concluídas". Eu me perguntava como isso poderia acontecer e abri a pasta de download. E para minha surpresa, esses dois arquivos estavam lá, totalmente baixados. O timestamp da última alteração corresponde ao horário em que reiniciei o Ubuntu / Firefox.
O Firefox parece ter iniciado o download novamente após a reinicialização.