Verifique se você está vendo o caminho da pasta criptografada para ver os emblemas. O Ubuntu One não sabe nada sobre a montagem descriptografada, portanto, a visualização não mostrará nenhum emblema. Eu não sei se há alguma boa maneira de fazer esse trabalho, tecnicamente, também. Pode ser algo que o pacote gnome-encfs
possa precisar fornecer através de uma extensão Nautilus, mostrando os mesmos emblemas nos arquivos descriptografados, que são definidos nos arquivos criptografados, atualizando automaticamente.
Quanto às notificações, você deve obtê-las, mas elas terão os nomes / caminhos dos arquivos criptografados, o que também pode confundi-lo se você estiver esperando os nomes dos arquivos descriptografados. Isso também é porque o Ubuntu One não sabe nada sobre o ponto de montagem descriptografado. Eu não acho que haja alguma maneira de contornar isso tecnicamente.