Supondo que você esteja trabalhando no Ubuntu com o Apache ...
A configuração do Apache atende www.mysite.com do diretório /var/www/ , você provavelmente moveu a pasta mystore para /var/www e o caminho para a pasta agora é /var/www/mystore , que o Apache não pode manipular de acordo com suas necessidades e
provavelmente servirá (de acordo com suas diretivas) em www.mysite.com/mystore .
Para corrigir isso, você terá que editar o local do site, que é mostrar ao Apache onde encontrar o arquivo que deseja exibir em www.mysite.com . Desde que você não dê mais detalhes,
Eu suponho que existe um arquivo de configuração para mysite localizado no diretório /etc/apache/sites-available chamado default , default-ssl quais são os arquivos de configuração que vêm com cada instalação do Apache no Ubuntu ou algum outro nome você deu para o arquivo de configuração do site.
Você terá que editar as linhas neste arquivo de acordo. O arquivo pode conter as seguintes linhas:
DocumentRoot /var/www
<Directory /var/www/>
[...]
mude para:
DocumentRoot /var/www/mystore
<Directory /var/www/mystore/>
salve o arquivo e execute o seguinte para que o Apache carregue a nova configuração:
sudo service apache2 reload
Você pode encontrar mais informações sobre como configurar o Apache em Documentação oficial do Ubuntu -HTTPD - Servidor Web Apache2 seção.