Não é uma resposta especializada, mas, até onde sei, todas as configurações de ícones padrão parecem ser globais no escopo. O Unity Tweak Tool, o Gnome Tweak Tool, o editor Gconf, o Ubuntu Tweak (não um pacote de distribuição) e qualquer outro método parecem ter um único tema unificado e um conjunto de ícones. As configurações do espaço de trabalho no gconf-editor foram preteridas após o Gnome 2.12 e, mesmo assim, não acredito que espaços de trabalho individuais com ícones exclusivos estivessem disponíveis.
É uma boa ideia, mas o código em torno dessa ideia não está disponível no momento, tanto quanto é do meu conhecimento.