Suponho que sua música reside em alguma coisa como uma biblioteca de arquivos mp3, compartilhada entre os sistemas operacionais (em uma partição comum em um sistema de inicialização dupla ou por meio de uma caixa de depósito).
Nesse caso, o formato .m3u funciona com a maioria dos players de mídia (iTunes e Rythmbox) em qualquer sistema operacional, e você deve ser capaz de criar e editar suas playlists em ambos os lados.