O Eclipse não vem por padrão com um ambiente de edição de python.
Você provavelmente deseja instalar o addon PyDev . Veja o link de como obtê-lo através do gerenciador de complementos do eclipse - ele não está disponível nos repositórios do Ubuntu.
EDIT: Relendo a pergunta, eu posso ter entendido mal. Não estou claro se a pergunta é:
- Como associar
.py
arquivos a serem abertos com o eclipse, em vez degedit/gvim
? - Por que o eclipse inicia um editor externo quando você tenta abrir um arquivo python com ele? (porque não tem editor python, veja acima)
- Por que um arquivo python não é executado quando clicado no navegador de arquivos? (porque ele precisa ser marcado como executável e, no caso do hello world, provavelmente sai antes de você ver alguma coisa)