Você precisa descobrir quais processos precisarão estar fazendo isso e definir as permissões de proprietário / grupo apropriadas. Por exemplo, com a instalação do drupal, você precisa configurar certos diretórios para dar permissão de escrita ao grupo de dados www.
Comandos básicos do unix para fazer estas coisas:
chmod nnn [arquivo ou diretório] ou chmod -R nnn directory / (se você quiser uma mudança recursiva)
onde "nnn" é o valor numérico das permissões de usuário / grupo / mundo (google esses valores, mas 777 significa leitura / gravação / execução
chown: [arquivo ou diretório] muda a propriedade