Se eu entendi corretamente, você quer que a instalação real do Windows esteja disponível como seu vm. Ou então constantemente sincronize todas as mudanças com sua instalação vm no Ubuntu. Se for esse o caso, a resposta é que não pode ser feito. Isso envolveria gravar quaisquer alterações no ambiente vmware para a instalação das janelas básicas. A arquitetura básica do sistema operacional não permitirá isso.
A única solução que consigo pensar é manter todos os seus arquivos de usuário em suas janelas e vm sincronizados com uma solução de sincronização na nuvem. Algo como o Ubuntu One ou o Dropbox. Dessa forma, arquivos e documentos alterados estarão disponíveis em ambas as janelas nativas como no windows vm