tente configurar seu arquivo crontab, para fazer atualizações automaticamente, como usuário root, exemplo:
na gravação do terminal (como usuário logado root):
nano /etc/crontab
Em seguida, por exemplo, se você quiser que as atualizações sejam realizadas todos os dias, por exemplo, às 14h30 no final desse arquivo, escreva:
30 14 * * * root apt-get update
e simplesmente salve as alterações.
Isso pode ajudar, e não se preocupar com as atualizações do dia a dia, pois ele faz isso automaticamente em um determinado momento e com um determinado usuário e comando.