Ele lerá as configurações de proxy do SO no OS X, mas não funcionará com a Detecção automática de proxy. Se você definir as configurações de proxy do sistema manualmente, elas serão usadas. Essa é uma limitação na biblioteca Qt que o Ubuntu One usa para acessar a rede e para construir o aplicativo do painel de controle.
Atualmente, não há como configurar manualmente as configurações de proxy especificamente para o Ubuntu One.