Existe uma ferramenta chamada Xcape, que pode ser usada por você.
Instalação
abra seu terminal e digite como
sudo apt-get install git gcc make libx11-dev libxtst-dev pkg-config
mkdir xcape
cd xcape
git clone https://github.com/alols/xcape.git .
make
Uso: Depois de instalar tudo o que você precisa fazer é simplesmente isso no seu terminal. para alternar Alt para Ctrl
xcape -e 'Alt_L=Ctrl_L'
Em seguida, efetue o logout / restart para aplicar as alterações e, em seguida, você verá as alterações.
Espero que ajude.