Eu estou supondo que você tenha uma janela maximizada no primeiro espaço de trabalho que faz com que o esconderijo "dodge" do Launcher esteja ativo. Quando você muda para o novo espaço de trabalho, não há janela fazendo com que o comportamento de esquiva do Launcher seja ativado, então o Launcher se mostra.
Não há um modo padrão (no Ubuntu 11.04 - > 11.10) para mudar isso. Existem métodos que envolvem a instalação do CCSM, mas eles não são suportados e podem quebrar seu ambiente Unity. Eu não vou entrar neles, como eu não tentei, talvez outros o façam.
O que é bom para você saber é que, na próxima versão 12.04, você pode optar por ter o Launcher sempre visível ou sempre oculto (em todos os espaços de trabalho), e você pode ajustar o tamanho dos ícones para reduzir a tela espaço usado. Talvez isso lhe dê uma solução de trabalho sem recorrer a hacks em um futuro próximo.