Isso provavelmente é porque a mensagem está presa no motd. Veja a resposta em: Persistent "disk será verificado ... "na mensagem do dia (motd), mesmo após a reinicialização
A solução: remova o arquivo /var/lib/update-notifier/fsck-at-reboot
e reinicialize ou execute esta linha de comando para remover o arquivo e regenerar totalmente a mensagem do dia:
sudo bash -c 'rm /var/lib/update-notifier/fsck-at-reboot && for file in /etc/update-motd.d/*; do $file; done > /var/run/motd' && cat /etc/motd