Abra um terminal e digite
dpkg -S /usr/share/themes/Default
O comando mostra quais pacotes usam (e criam) este diretório. No meu caso, a saída é: libgtk1.2-common, libgtk2.0-common: /usr/share/themes/Default
.
Então, a melhor ideia seria reinstalar os dois pacotes:
sudo apt-get --reinstall install libgtk1.2-common libgtk2.0-common
Então, eles criam o diretório e o preenchem com o conteúdo correto.