É bom que você esteja tentando atualizar para uma versão compatível. Os upgrades devem ser executados sem problemas, pois os mantenedores de pacotes estão se saindo muito bem ao lidar com isso. Além disso, os pacotes não devem tocar nos diretórios de dados do usuário. No entanto, como é válido para todos os dados valiosos, verifique se você tem um backup!
Em relação aos repositórios do Subversion, você deve se preocupar com incompatibilidades, já que o 1.6.x é pacotes do Natty 11.04 até o Quantal 12.10. Somente se você decidir atualizar para 1,7, você deve mergulhar em cenários de atualização.