Ok, as únicas coisas que vejo que causariam "lentidão" são alguns dos seus pontos de montagem.
% bl0ck_qu0te%/ dev / sda2 provavelmente deveria ser montado via fstab usando um driver de nível de kernel ao invés de via fusível. Você deve ser capaz de montar uma partição ntfs (adivinhação) via fstab sem usar o fusível. (Eu não sei se isso vai quebrar o wubi instala)
Isso pode ganhar alguma velocidade, especialmente se você acessar dados / host.
Agora seus dois exemplos são um assunto diferente. Se a memória serve Minecraft é Java. Você pode experimentar diferentes versões do java (como o sun v.s. OpenJDK) ou tentar alguns argumentos de linha de comando. Esta postagem pode ajudar
Block Story eu não reconheço.
No entanto, o Wubi resultará em um sistema muito mais lento que uma instalação nativa. Normalmente, o gargalo da garrafa é em torno do acesso ao disco. Mais detalhes nesse link.
TL; DR; Se você quer o melhor desempenho, não use o wubi. Quando benchmarking, certifique-se de usar algo objetivo. Phoronix Test Suite é geralmente bem quisto. Execute-o no Linux e no Windows e use esses dados para decidir qual deles é mais rápido em quais áreas. Usar jogos como seu benchmark não lhe dará uma boa ideia.