Opções
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Crie um DVD ou pen drive USB inicializável e faça uma nova instalação a partir dele. Eu iria com o stick USB como você pode reutilizá-lo. veja link
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Por meio do gerenciador de atualização. O Ubuntu 9.04 não é mais suportado, então você precisará editar o arquivo /etc/apt/sources.list para fazer isso. Instruções completas aqui link
Nota: se você pegar o caminho de atualização, você precisará atualizar de 9.04 para 9.10, o que também não é suportado, então você precisará editar /etc/apt/sources.list novamente.
Depois, para 10.04, que é suportado e é uma versão do LTS, embora o suporte termine em abril. A partir de 10.04 você pode atualizar para 12.04 o próximo lançamento LTS.
Você pode atualizar para a 12.10 a versão mais recente, se quiser.
Muita coisa mudou entre 9.04 e 12.10, então eu recomendaria uma instalação limpa. Certifique-se de ter bons backups no caso de as coisas darem errado.