Primeiro, eu não conheço o evernote, mas talvez você possa checar a lista branca do systray no dconf-editor ou tentar reinstalar o evernote primeiro. Se não estiver instalado, basta instalar o dconf-editor do centro de software ou fazer
sudo apt-get install dconf-editor
Depois disso, execute o dconf-editor do dash / terminal e vá para:
com - > canônico - > unidade - > painel. Lá você pode editar os aplicativos exibidos na bandeja do sistema. Estas são minhas configurações: ['JavaEmbeddedFrame', 'Wine', 'Update-notifier', 'Skype'] Apenas tente adicionar evernote a esta linha como esta: ['JavaEmbeddedFrame', 'Wine', 'Notificador de atualização', 'Skype', 'Evernote']
Espero que isso ajude. Talvez alguém aqui tenha outra idéia melhor ...