Você pode criar um CD PLOP - que permite inicializar a partir do USB, mesmo que seu Bios não o suporte. Aqui é mais alguma informação.
O Wubi.exe suporta a execução do Ubuntu após o Windows já ter sido inicializado. Como dizem os comentários, isso provavelmente não é o que você realmente quer e presumo que você tenha tentado isso como uma solução secundária.