Depende de como você vai usar o Ubuntu. Se você não sabe o quanto quer usar o Ubuntu, ou se vai usar o Windows com mais frequência, use o Windows Installer. O Ubuntu pode ser facilmente desinstalado com o instalador do Windows, e você não precisa se preocupar com o particionamento se você desinstalá-lo.
Se você tiver certeza de que usará principalmente o Ubuntu, mas ainda usará o Windows de tempos em tempos e tiver espaço em disco suficiente, inicialização dupla. Há menos risco de o Ubuntu danificar sua instalação do Windows e o Ubuntu será mais rápido. Além disso, a inicialização dupla é fácil. Basta clicar em "Instalar o Ubuntu ao lado do Windows" no instalador