Eu os montaria com umask=0077
para que somente o root possa ler / gravar. Então eles também param de aparecer no lançador para outros usuários.
A partição do Windows sempre estará visível para alguém com privilégios de root, portanto, isso é o mais próximo de tê-los como sistemas separados, como você poderá obter.
Por exemplo, eu tenho a seguinte linha no meu /etc/fstab
para proteger minha partição de recuperação:
/dev/sda8 /mnt/Restore ntfs defaults,ro,umask=0077 0 0