A maneira mais fácil GUI (recomendado para iniciantes)
Abra o arquivo protegido e use ctrl + p ou use a opção print para imprimir o arquivo, agora salve o arquivo como pdf.
Usando a linha de comando
Se você já instalou o pdftk, pode pular o passo1
Passo 0: Para verificar se o Pdftk já está instalado
sudo apt list | grep pdftk
Se a saída contiver a tag '[instalado]' com o pdftk, você poderá pular a etapa1 ou seja, se a saída é assim
pdftk/xenial,now 2.02-4 amd64 [installed]
Passo 1: Instale o pdftk
sudo apt get install pdftk
Etapa 2: execute o seguinte comando
pdftk /path/to/input.pdf input_pw <yourpassword> output out.pdf
Se você não quiser instalar o pdftk, há outro utilitário qpdf que é instalado automaticamente (pelo menos no 16.04 que estou usando)
Para usar o qpdf para gerar o seguinte comando de execução do pdf não protegido.
qpdf –password=<your-password> –decrypt /path/to/secured.pdf out.pdf
Para informações detalhadas, dê uma olhada em este tutorial HTG