Isso aconteceu no meu PC antigo e ainda acontece com o novo, com uma nova instalação do Ubuntu 12.10 (Unity). Ao retornar de um bloqueio de tela (eu não poderia dizer se ele pode ser replicado de outras formas), alguns indicadores estão faltando: pidgin, thunderbird (com extensão firetray), jdownloader ...
Eu não sei se esses indicadores têm algo errado em relação à bandeja da unidade ou algo relacionado com o menu global está cortando um certo tamanho da borda esquerda de uma bandeja longa, o que ela contém.
Você pode primeiro tentar atualizar para o novo gnome-screensaver com o apt. a nova versão é 3.6.0. e corrige alguns links quebrados com a tela de bloqueio!
Aqui está o Changelog - acho que isso pode ajudar! Foi lançado há quatro dias!
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