Isso depende inteiramente de como o software foi escrito, muitas vezes também dependendo da intenção com ele.
A maioria dos utilitários bash (= shell, terminal) devem ser usados "sincronicamente", com os quais a execução é destinada a produzir um resultado; que pode ser necessário para os seguintes comandos em um script ou procedimento manual - se o utilitário (programa, software) se desconectar e deixar você no prompt imediatamente, você não saberá quando ou se o resultado está disponível.
O Skype não é normalmente usado como "utilitário" de linha de comando, mas sim como uma ferramenta para lidar com comunicação (telefone ou qualquer outra coisa). E então é muito útil se ele não bloquear o terminal, se for lançado a partir daí.
Desanexando do terminal:
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