Você está usando as duas partições.
/dev/sda5 está montado como /home é a sua casa pessoal para tudo. Suas VMs do VirtualBox, por padrão, são armazenadas em ~/VirtualBox VMs , isto é, no seu sistema de arquivos / home ;-) Os binários e arquivos de configuração do VirtualBox são distribuídos em /usr /etc .
Se você executar dpkg -L virtualbox-4.2 , verá a lista.
/dev/sda1 é montado como / raiz.
Então, nada para se preocupar.