Não tenho certeza se entendi sua situação. Você reinstalou o 12.04 após a atualização com falha de 12.04 para 12.10?
Acabei de instalar o 12.04 e ter um desktop com ícones invisíveis no Unity Launcher. Ainda tentando resolver o problema, parece ser algo com o Unity 3D / compiz.
Como solução, você pode experimentar o Unity 2D. Na tela de login, clique com o botão direito do mouse no círculo do Ubuntu e selecione Ubuntu. Continue a fazer login.