Verifique as fontes do seu software e desative as que não são confiáveis. Todos os pacotes necessários estão nos arquivos do Ubuntu (supondo que você esteja no 12.04+), portanto, não é necessário instalar pacotes não confiáveis para instalar o Eclipse.
Pessoalmente, prefiro não instalar o Eclipse através do Centro de Software (ou apt-get). O Eclipse não possui dependências do sistema além da presença de um tempo de execução do Java SE 5+, portanto, basta fazer o download do Eclipse no eclipse.org, descompactar e executar. Para desinstalar, rm -rf
. Tudo isso como usuário, não como root.
No Ubuntu, obviamente eu faço instalar o pacote default-jdk para ter Java.