Se você clicar em uma das partições no iniciador de unidade, poderá selecionar "remover com segurança a unidade principal". Aguarde um momento para que os dados sejam gravados. Se o dispositivo automontar novamente após alguns segundos, repita esta operação e você poderá remover o dispositivo.
Se esta é uma versão anterior que não usa unidade (ou não tem a funcionalidade de remoção de dispositivo) Você pode desmontar todas as partições no Nautilus (filemanager) ou com a linha de comando umount e então será seguro remover o dispositivo.
A remontagem de partições depois que elas foram desmontadas é uma questão diferente, e você pode não conseguir acessar o dispositivo se tiver usado a opção "remover com segurança" até remover o dispositivo e reinseri-lo novamente.