Também usando o Ubuntu 12.04 eu uso o XWinWrap com a opção de geometria (-g) para maximizar a tela, caso contrário, também perdi os ícones da barra de tarefas. Estas são as opções que eu uso para o protetor de tela para ovelhas Electric.
xwinwrap -ni -o 0.4 -s -st -sp -b -nf -g 1440x900 -- /usr/bin/electricsheep -window-id WID
Você pode tentar remover a opção -fs e adicionar -g à sua resolução de exibição.