Eu tive a experiência de que as configurações de som existentes no Ubuntu (as que aparecem se você clicar no ícone do som ao lado da hora) são muito simplificadas e não controlam todas as opções da minha placa de som.
Por esse motivo, recebi a sugestão de usar um controlador mais avançado, que funciona com pulso. É chamado de Controle de Volume PulseAudio (ou pavucontrol) e você pode instalá-lo a partir do Centro de Software. Você provavelmente terá que reinstalar o Pulse, é a melhor maneira de se dar bem com o som se você tiver o último Ubuntus.
Você também pode tentar outros pacotes do Ubuntu para essa finalidade, como Cartão de Som Padrão asoundconf
ou Gerenciador de PulseAudio paman
. Infelizmente não tenho experiência com essas pessoas