A primeira coisa a fazer é descobrir qual programa ou programa está usando a maior parte da CPU. Eu corro topo na linha de comando nestes casos e a solução normalmente se sugere uma vez você sabe o que está acontecendo.
Eu também executo o Gkrellm na minha área de trabalho para manter o controle sobre a saúde do sistema operacional e geralmente dá um alerta quando algo não está funcionando bem. O Gkrellm é instalável a partir dos repositórios e é muito configurável, e usa krells, assim como gráficos de barras. Algumas pessoas gostam do Conky porque ele pode ficar bonito, mas o Gkrellm com o tema padrão é muito funcional:
Gosto particularmente de como o Gkrellm usa cores diferentes para o gráfico da CPU - marrom para sistema, azul para usuário e verde para aplicativos com níveis muito altos (normalmente daemons que usam muito CPU mas devolvem quando sistema ou usuário programas precisam disso.) Além disso, as leituras de disco, memória e rede estão em azul enquanto as gravações estão em marrom. Puro.
Tenho notado em minha nova instalação de 64 bits de 12.10 que o Firefox tem monopolizado a CPU ocasionalmente, mas instalarei 32 bits nesta máquina dual core mais rápida para ver se o problema persiste.
Também notei que o 12.10 possui requisitos de memória mais altos do que as versões anteriores - cerca de 712 Mb para 12.10 64 bits com o Firefox, Transmission e uma janela de terminal em execução. O Gkrellm pode manter o controle da memória e do cache para você também, ou digitar 'free' na linha de comando.