Ter Terminal = true provavelmente é o que o quebra. Isso diz ao SO para abrir um terminal com o comando na linha Exec. Portanto, defina o Terminal como false e verifique se você tem a sequência de caracteres de comando para o lxterminal corretamente formatada . Abaixo está o meu arquivo de desktop para abrir arquivos no nano, outro editor de texto do console.
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Version=1.0
Name=Nano Text Editor (Console)
Comment=Edit text files in a console using Nano
Exec=lxterminal -t Nano --command=/usr/bin/nano\ "%f"
Terminal=false
Type=Application
Icon=lxterminal
Categories=Utility;TextEditor;
StartupNotify=true
MimeType=text/plain;