Houve problemas como este com o Windows 7 e 8 por um tempo. O Windows tem todos os tipos de requisitos exigentes quando se trata de instalar. Eu tive muitos problemas como este no passado, e acho que talvez tenha algo a ver com o Windows querendo ser instalado na primeira partição do disco. Não me lembro exatamente, porque, depois de muitos problemas, instalei o Windows em um HD separado.
O seu Windows está em uma partição separada do mesmo disco ou está em um disco diferente?
Se estiver em um disco diferente, você está com sorte. Basta ligar para o menu de inicialização quando você ligar o seu PC e inicializar a esse HD em vez daquele com o Ubuntu nele.