OK, este caso provou ser muito simples. Como o plugin do eclipse que estava dando erros foi instalado através do gerenciador de pacotes, eu obviamente poderia também desinstalá-lo lá. Removendo-o, resolvemos o problema.
Após a atualização do ubuntu, o Eclipse foi atualizado para 3.8. Agora, o Eclipse não inicia mais. Eu sei que pelo menos um plugin não é compatível com o 3.8. Mas eu não sei como removê-lo, sem a GUI.
Então, como posso remover um plugin da linha de comando? O log do eclipse pode ser encontrado aqui: link
OK, este caso provou ser muito simples. Como o plugin do eclipse que estava dando erros foi instalado através do gerenciador de pacotes, eu obviamente poderia também desinstalá-lo lá. Removendo-o, resolvemos o problema.