Você não pode pré-instalar programas no Windows, pois o Registro não pode ser modificado adequadamente para acomodar os novos Programas. Especialmente em um Windows Install que ainda não existe. Programas portáteis que não precisam ser instalados podem ser movidos.
Quanto à cópia de arquivos para o Windows, primeiro você precisa ter uma partição real do Windows (se você simplesmente limpou o Windows do seu disco rígido quando instalou o Ubuntu, isso não é possível). Em seguida, abra o Nautilus (O Gerenciador de Arquivos, Pasta Laranja no Dash) no lado esquerdo, deve haver uma lista de outras Partições em seu computador, basta clicar no Windows e ele deve montar e abrir a pasta. Se ele não aparecer, abra o Utilitário de Disco e verifique se o Ubuntu o detectou, se não, por favor, informe-me usando os comentários.