Sim, o mesmo caso para eu jogar o antigo Age of Empires no vinho em resoluções de 800x600 ou 1024x768, enquanto a minha tela é nativamente em 1280x1024. Solução: mude para a resolução de destino antes de iniciar o aplicativo para que ele não precise alternar para a resolução mais baixa:
xrandr -s 1024x768; wine etc.;xrandr -s 1280x1024