Você tem que usar algum software de personalização do Ubuntu que permite reconstruir o Ubuntu a partir do DVD com todos os programas e arquivos necessários. Verifique este link em askubuntu
Como fazer uma cópia completa do Ubuntu (12.04.1), com a capacidade de "desempacotá-lo" do Windows, para outro cartão flash (para ter duas cópias do meu sistema operacional Ubuntu).
Você tem que usar algum software de personalização do Ubuntu que permite reconstruir o Ubuntu a partir do DVD com todos os programas e arquivos necessários. Verifique este link em askubuntu
É um pouco incerto o que exatamente você quer fazer, mas você pode criar uma cópia completa de todo o seu sistema dessa maneira.
Primeiro, remova todos os drives USB e outros para garantir que não os incluiremos.
Em seguida, pressione Ctrl + Alt + T ou use o menu para abrir um terminal. Emita este comando:
sudo tar -cvf system.tar /
Isso criará um arquivo no seu diretório pessoal contendo todo o sistema e todos os seus dados pessoais.
Se você estiver procurando apenas um backup, talvez seja suficiente fazer backup do seu diretório inicial, e não de todo o sistema. Afinal, você sempre pode reinstalar o SO e o software, mas os dados pessoais são muito piores de perder.