Eu realmente tenho que dizer que é muito provável que o seu sistema de arquivos tenha sido danificado ou que a atualização realmente tenha sido executada em arquivos do sistema. Eu recomendo fazer backup de seus arquivos e reinstalar como quando um sistema está em tal estado, geralmente é muito trabalhoso para identificar o problema.
Para fazer backup de seus arquivos, você pode fazer o download do Ubuntu e usar um LiveCD para montar sua partição do Ubuntu no gerenciador de arquivos. Navegue até / home // e seus arquivos estarão lá para serem tirados. Faça backup deles em um pen drive, limpe o computador, reinstale e mova os arquivos de volta.
Outra tarefa que pode ser benéfica é certificar-se de que seu disco rígido não está falhando. Você pode usar o Utilitário de Disco do Ubuntu: Selecione seu disco rígido e selecione "Dados SMART". Faça um pequeno teste e veja se ele informa que a unidade está prestes a falhar (se tiver alguns setores defeituosos, não vale a pena se preocupar, pois não é incomum).